I級生物安全柜通過使用HEPA過濾，定向和層流氣流為用戶/操作員，環境和產品/樣品提供保護。出于無菌的目的，對于尺寸為0.3微米的顆粒，HEPA過濾器通常額定功率為99.99 +％。
 
典型的微生物程序通常利用本生燈燃燒器或其他明火來消毒和/或減少交叉污染。
 
由于以下幾個原因，建議不要在生物安全柜內使用這種明火：
 
（1）II類生物安全柜通過將層流（以恒定速度 - 無湍流的單向流動的空氣量）向下傳送到機柜的工作區域，通過明火加熱空氣來維護產品保護導致空氣逆著層流下降而上升，產生湍流; 從而消除產品保護。
 
（2）明火也具有熔化將HEPA過濾介質固定在其框架上的粘合劑的能力。這破壞了HEPA過濾器的有效性，從而導致正壓通風口中的容器損失。
 
（3）后，如果火焰熄滅，閥門不關閉，可燃氣體會以穩定的速度流入柜體。對于A2中生物安全柜中70％的空氣被再循環的情況，可燃氣體的濃度可能會爆炸，并且不僅對生物安全柜造成嚴重威脅，而且對使用者和實驗室造成嚴重威脅。
 
疾病控制和預防中心（CDC）和國家衛生研究院（NIH）在該出版物中也提到了這一點：
在生物安全柜工作時，可以采取多種措施來減少材料交叉污染的可能性。打開的管子或瓶子不應垂直放置。研究人員使用陪替氏培養皿和組織培養板時應將蓋子放在開放的無菌表面上方，以盡量減少向下空氣的直接沖擊。瓶或管帽不應放在毛巾上。應盡快重新填寫或覆蓋項目。生物安全柜內無微生物的環境中不需要明火。在敞開的長凳上，燃燒培養皿的頸部將產生向上的氣流，防止微生物落入管或燒瓶中。然而，生物安全柜中的明火產生湍流，擾亂了HEPA過濾空氣供給工作表面的模式。當被認為是必要的時候，可以使用配備指示燈的觸板微型燃燒器按需提供火焰。內部機柜空氣干擾和熱量累積將被小化。工作完成后，燃燒器必須關閉。小型電爐“爐”可用于凈化細菌環和針，并優于生物安全柜內的明火。應盡可能使用一次性或可回收的無菌環。